但是，在搜集过程中，他们遇到了许多难以预料的困难。但面对这些困难，他们并不放在心里。在经过严密的筹划后，他们九个人分工合作，负责收集各种证据情报，同时有人负责将各种资料进行翻译和勘查，确保证据正确无误。
同时，日本人已经获悉国联即将到奉天调查一事，并采取了种种防范措施。
不单单是在各个交通要害处严防死守，布置了不少检查哨，甚至将曾经公开张贴在大街上的布告，尤其是日本关于占领沈阳的布告，一夜之间全部撕下收回；将其屠杀城郊某村庄的现场进行了严密封锁；对涉及侵略中国的机密文件加强了保管等。
在同一时间，日本特务机关也将其所怀疑的抗日志士全部列入黑名单，甚至还策划了暗杀行动。对巩天明等尤为不利的是，国联调查团不是先到受害国调查，而是先行到日本，听取日本****分子关于“维护远东和平”的欺世之辞。
但巩天明绝不放弃。他知道，向国联送交真相材料，让世界各国了解日本侵略中国的真相，这是当时唯一能争取国际社会同情的方式。重重困难，反而更激发了巩天明等人的勇气和决心。
巩天明利用自己广泛的社会关系，先是做通了省政府负责文件管理的爱国人士的工作，让其在晚间下班时将日军给省政府的命令偷偷带出来，当晚进行拍照，第二天再悄悄地送回去；然后利用自己商会负责人的身份，冒险夜入商会，找出伪市政府函谢商会派人参加“庆祝建立满洲国”游行“送赏金千元”的原函，赶晒成蓝图。此外，他还与其他人一起在夜晚偷揭遗留的残缺布告，密拍机要军事据点照片等。
他们九个人发动医学、教育、金融等各界进步人士分工合作，白天多方搜集日军罪证，晚上由奉天医专的几位教授集中分类、翻译、校对和打印。
整个过程惊心动魄、险象环生。搜集到的证据包括《盛京时报》《满洲日日新闻》等日方发行报刊的剪报、日系官员任免名单及本庄繁布告、关东军颁布的教育和金融章程和实物如收条、对联、照片等等，筛选后的300多页纸质材料和实物证据被编辑成75个大目录按序号粘贴在大相册内。为了便于调查团审阅，九君子另备英文说明书。
这一次，莫小雨所带来的，正是一部分关东军发布的秘密命令等相关公文，对巩天明他们所收集的证据，可算是强有力的佐证。
“很好，有了这些文件，我们很快便能整理完毕，等李顿他们到了奉天，便想办法交到他的手中，争取早日能揭露日军侵略的事实。”
林文华不无担忧的道：“据胡汉良说，日本人这些日子的动作频繁，恐怕就是针对国联调查团而来。你们几个人都是名流，也是日本人所关注的，一定要小心谨慎。”
“你的担心也不无道理。这些天我们已经将所有的活动都转移到了小河沿医专，这里有英国人的背景，日本人的触角还没伸过来。只要谨慎小心点，应该问题不大。”
“对了，关于那位被关押的女同志，胡汉良说了，暂时还出不来，虽然性命无忧，但看冷风的意思，恐怕也是要出一笔费用的，这笔钱要尽快筹备，不能耽搁。”